土肥原二人认出“唐伟波”就是当年的廖思成。根据妹妹传来的消息，松本知道廖思成一行三人，还包括一个当年没有斩尽的王富贵。土肥原急于知道廖思成前往南京的目的。

　　廖思成一行人路遇残忍杀害俘虏的日本人，王富贵十分愤怒，想要冲出去拼命，被廖思成拉住。他们几个人合作，救出一个命大的“中国人”，叶山。

　　为了减少目标，廖思成决定与方天翼、王富贵分头行动，并相约两天后在灵谷寺见面。

　　章佳琳执意跟着廖思成，廖思成也想知道章佳琳的来历，答应了她的请求。廖思成跟章佳琳进入南京城后，发现满目疮痍，到佳华棉纺实业公司南京分部去找以前的手下，更是人去楼空，只是在墙上发现他的助手严子祥用符号写成的暗语。

　　方天翼一行人路遇残杀中国人的日本兵。可是他们无能为力，只能平添仇恨。

　　廖思成带着章佳琳回到他原来的办事处，见到被日本人抓住的严子祥。打斗中，严子祥被杀死，而廖思成被几个黑衣人所救。严子祥临死前喊着：16号。并告诉廖思成有内奸，看着严子祥惨死的样子，廖思成发誓一定要抓到内奸。

　　日本特工离开后，廖思成再次潜入办事处，取回电台，将南京城会战失利的原因和疑有叛徒的消息发给重庆，得到让他执行16号密令的消息，廖思成正想问16号密令的具体内容时，电池没电了。

　　方天翼一行人向灵谷寺前行的路上，一路躲过鬼子的追击。因为许二柱不小心失足落入坑里，原来里面躲藏着两个中国人和他们救出的十几个妇女。到达灵谷寺，他们才发现鬼子连寺庙也在把守，只能守在外面等候。

　　方天翼向王富贵交代了自己的真实身份，同意王富贵和他一同探秘汤山，但是交代王富贵要让他的手下看好叶山。王富贵似乎看不太清局势。

　　来到汤山，方天翼在兴隆货栈发现同党留下的信号，找到了周墨浩的联络员王文渊。得知周墨浩已经叛变的消息。

　　由于担心廖思成的安全，方天翼决定和王文渊进城。

　　廖思成决定带着章佳琳到国际安全区去碰碰运气。靠着伪装成日本侨民，廖思成和章佳琳一路有惊无险地进入安全区。

　　戴笠得知日本人已经盯上廖思成，让隐藏在南京的特务头子周墨浩动用备用密码，不惜一切代价杀掉廖思成。但戴笠还不知道周墨浩已经投靠成为双面间谍的消息。

　　松本弥二的侄子横一前来拜访，请求被委以更重要的任务，而从章佳琳的提供的情报中，松本得知国民党潜伏特工将要在南京实施16号密令，他要章佳琳继续留在廖思成身边，务必弄清楚什么是16号密令。并提醒周墨浩，廖思成可能将查出他的身份。

　　廖思成偶然看到坐在车里的由美，他的心情波动，不为人知。

　　由美是作为记者来到中国。她想阻止她父亲的屠杀行为，但是这又哪里是一句话能解决的问题。

　　方天翼和王文渊决定偷一辆日本车，以进入日本人的安全区。刚好他们射中了由美所坐的车子的轮胎。由美表示自己是日本反战同盟的，愿意帮助方天翼。

　　换好轮胎，方天翼假扮司机，载着由美返回日本人的安全区。成功进入后，由美询问方天翼所为何事，方天翼不肯透露，由美的枪抵在方天翼的头上。原来早在开车过程中，王文渊已被由美劫持。但是由美并没有为难方天翼二人，反倒把自己的通行证交给方天翼，希望能帮到他。

　　廖思成和章佳琳的处境也很难堪。廖思成回想起，当时组织交代廖思成到南京后联系一个叫易顺金的药材店老板。而在武汉，廖思成秘密会见已担任武汉办事处主任的李长城，本站原创剧情，李得知廖要前往南京，告诉他由于南京形势严峻，跟南京联络站失去联系已经很久。他希望廖能后跟组织上重新建立联系，而联系人就是易顺金。廖思成这才明白戴笠是因为已经对易顺金起了疑心才让他前去联系。廖思成决定设法消除戴笠疑心。

　　廖思成决定去找易顺金打听16号密令的事，他施计甩掉章佳琳，确认身后无人跟踪后到易顺金家中。而此时，加入日本维持会以潜伏下来的易顺金丝毫不知自己已经被周墨浩盯上，周墨浩为了讨好日本人，安排日本特务佐佐木用苦肉计取得易顺金的信任，也使得山口一男在到南京后不久就盯上了易顺金。

　　和易顺金对上暗号后，易顺金告诉廖思成16号密令就是炸毁南京，廖思成非常震惊。

　　通过再一次对暗号，易顺金得知廖思成和他同为共党的身份。二人都很欣慰。

　　廖思成自以为行动隐秘，殊不知都在山口一男的控制之中。

　　山口一男得到土肥原贤二的密令，要利用廖思成这条大鱼，一举抓捕所有的国民党潜伏特工。

　　方天翼二人一路摸索，循到佳华棉纺实业公司南京分部。发现廖思成为躲避遗留下来的电台，于是向重庆发去周墨浩疑似叛变的密令。

　　重庆戴笠这边怀疑密码已经被破，指示方天翼一旦查实周墨浩叛变事实，即刻格杀，且停止继续使用密码。

　　然而召来朱子宇，原来格杀周墨浩的指令是为了保护他。而戴笠已经明确指示除掉廖思成。

　　随后沈晗被叫去，处座安排俞梅、顾婷以及沈晗都前往南京。

　　原来在佐佐木的配合下，山口一男成功抓走了易顺金，并将自己化装成易顺金的样子。伪装成易顺金的山口一男告诉手下自己要回重庆复命，以后廖思成的联络员是张方宇(就是山口一男本人)。

　　在抓住易顺金时，山口一男注意到他手上的青帮标记。

　　在山上躲躲藏藏的王富贵几人无吃无喝，在找吃的过程中，被准备埋伏经过的日本人的洪哥发现，加入了洪哥的队伍。洪哥一行人配合默契又拼命，成功拿下这些日本人，抢走东西。洪哥邀请王富贵加入自己，王富贵表示身上还有任务。洪哥表示以后有事，到句容找自己就行。并把自己身上的干粮都送给了王富贵。

　　夜晚休息中，王富贵等四人被抓。余下几个怀疑廖思成或方天翼泄密。就在这时，廖思成发现被抓的王富贵等人，这时有人偷袭廖思成，章佳琳为救他被杀手开枪将手打伤。。为了救出他们，廖思成拦下囚车，去找易顺金商量。

　　由山口一男假扮的易顺金交代廖思成自己被召回重庆，而廖思成以后和张方宇联系。廖思成不知易顺金并非本人，还提醒他重庆方面的召回可能是陷阱。山口不明其因。

　　廖思成和章佳琳换上山口为他们准备的衣服和假身份，又刚巧碰到进城的方天翼。廖思成三人决定通过维持会会长周墨浩之手救下王富贵。

　　结果在与周墨浩打交道的过程中，廖思成发现他国民党特工的身份，及时阻止了欲除掉他的方天翼。

　　松本弥二根本不想杀掉王富贵等人，为了打击城内外的反抗组织，他命令刚刚参加完特训的外甥田中横化名为王大力，带着一队日本特工化装成游击队，“碰巧”救下王富贵等人，并取得王富贵的信任。

　　被救下的王富贵正准备去灵谷寺，发现乘着日本车，穿着日本军装的廖思成四人，更加坚定了他们是日本人的猜测。叶山为了保护廖思成，否定了他们的说法。

　　刀剑相见，王富贵在方天翼的理智劝说下，终于还是确定了廖思成几人中国人的身份。并跟方天翼说明自己被游击队救下，且之前遇到过洪哥。方天翼交代王富贵看好汉奸身份的周墨浩。